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SEMINARIO ALL'UNIVERSITA' DI SALERNO
MicroRNA target gene prediction: a Systems Biology approach

Pubblicato da: La redazione on 18 Novembre 2007

Nell'ambito dei martedì della bioinformatica, organizzati dal NeuRoNe Lab del DMI, martedì 20 novembre alle ore 15.30, Laboratorio L14 del DMI, piano -1 Facoltà di Scienze MM FF NN, Fisciano si terrà il seminario: MicroRNA target gene prediction: a Systems Biology approach.


MicroRNAs (miRNAs, miRs) are a growing class of short non-coding RNAs that negatively regulate the expression of genes involved in proliferation, apoptosis, development, differentiation, antiviral defense and cancer. Mature miRs derive from longer transcripts (pri-miRNAs) which are processed to shorter hairpin precursors (pre-miRNAs) by the action of Drosha enzyme. The 70- nucleotides precursors are exported to the cytoplasm where they are cleaved by Dicer to mature 19-22 nucleotides miRs, which enter RNA-induced silencing complex.


The prediction of the targets of miRNAs in a more efficient and biological manner is a one of the key factors in facilitating the elucidation of miRNA functions. We recently addressed this issue by studying altered miR expression profiles in one of our “in vitro” models.


To investigate further biological relevance of our data, we performed a multi-step analysis using an integrated Systems Biology analysis. In the first step, we generated different network scenarios, in which all the predicted networks were pre-filtered for specific gene expression. Secondly, we chose from the list the network that contained the highest number of gene targets for our miR set and filtered for the gene targets that are associated with our “in vitro” model.


This miR target gene network analysis will narrow our future research toward investigation of target genes that regulate different signaling pathways and their implication in our “in vitro” and “in vivo” models.
Per ulteriori informazioni http://www.dmi.unisa.it/bioinformatica





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